Se registraron 154 especies de flora y se estima la existencia de 250 especies de plantas superiores.  La vegetación del piso Altoandino presenta gramíneas duras y silificadas como Festuca orthophylla (Iru-huichu), Stipa ichu (Sicuya), Calamagrostis spp (Khachu), y plantas arrosetadas como Hypochoeris spp (Siqui), Lachemilla spp., Pycnophyllum spp (Chiqui chiqui) Azorella spp. y Aciachne pulvinata.

Los bofedales cubren el 10% del Área y constituyen la unidad de vegetación de mayor importancia socioambiental. Destacan grandes pulvínulos de Distichia muscoides (Kachu paco), Plantago tubulosa y Oxychloe andin (Orko paco).

En la flora arbórea y arbustiva son relevantes las poblaciones de Polylepis tarapacana (Queñua), los tholares asociados a pajonales de Parastrephia lepidophylla (Ovijthola), P. lucida (Khoa thola),  Baccharis incarum (Nhaca hola), y la yareta (Azorella compacta).

El Área Protegida tiene una variedad de plantas medicinales que es utilizada por los pobladores de la región entre las que se encuentran:  Senecio graveolens (Chachacoma: utilizado para mareos, apunamiento), Wemeria sp  (Jasasu o pupusa: para la digestión, dolor de estómago),  Lampaya castellani (Lampaya:  mal de riñones), Mutisia acuminata (Chinchircoma:  cólicos y dolor de estómago), Senecio puchi (Pura pura: mal de aire), (Jacana: mal de aire), (Choquetana: dolencias de la matriz),  (Maransella: infecciones de riñones), Azorella compacta (Yareta:  resfrios, diabetes), Leuceria cf. Salina (Chucapaco:  reumatismo, tos, resfrío), Hleracium sp (Chuco chuco:  pomada para heridas),  Wemeria lycopodloides (Sallica:  dolor de espalda, riñón y ciática), Calophora rosulata (Itapallo:  reumatismo).